O procedimento para realização do método Barrx é semelhante ao de uma endoscopia comum: o paciente é sedado, para que então lhe seja introduzida uma sonda flexível com câmera, por sua boca, até o esôfago. Lá, o médico tem acesso às imagens dos tecidos alterados, e realiza a ablação destas células doentes por meio de radiofrequência, com movimentos leves feitos por um cateter, introduzido em conjunto com a sonda. Assim, toda a mucosa doente é removida do local. Como se trata de um procedimento pouco invasivo, o paciente é liberado em poucas horas após sua realização – até que cessem os efeitos dos medicamentos de sedação.